Bağırsak mikrobiyotası, insan sindirim sisteminde, özellikle kalın bağırsakta yaşayan trilyonlarca mikroorganizmanın (bakteri, virüs, mantar, arke) oluşturduğu kompleks ekosisteme verilen addır. Bu mikroorganizma topluluğu, her bireyde farklı kompozisyonda olup, yaklaşık 1-2 kg ağırlığında ve 1000'den fazla farklı bakteri türünden oluşur. Bağırsak mikrobiyotası, doğumdan itibaren şekillenmeye başlar ve yaşam boyu beslenme, çevre, antibiyotik kullanımı, stres gibi faktörlerden etkilenir. Sağlıklı bir mikrobiyota dengesi (öbiyoz), insan sağlığının temel taşlarından biridir ve bu dengenin bozulması (disbiyoz) birçok hastalıkla ilişkilendirilmiştir.

Probiyotik ve prebiyotik takviyeler, fonksiyonel gıdalar, fermente gıdalar (yoğurt, kefir, turşu), diyet düzenlemeleri, gastrointestinal hastalık tedavilerinde destekleyici yaklaşım, fekal mikrobiyal transplantasyon tedavileri

Sindirim sisteminin sağlıklı çalışmasını destekler, besin emilimini artırır (Yüksek kanıt düzeyi) Bağışıklık sistemini güçlendirir ve patojen mikroorganizmalara karşı koruma sağlar (Yüksek kanıt düzeyi) B vitaminleri (B12, biotin, folat) ve K vitamini sentezine katkıda bulunur (Yüksek kanıt düzeyi) Kısa zincirli yağ asitleri (bütirat, asetat, propiyonat) üreterek bağırsak sağlığını destekler (Yüksek kanıt düzeyi) Metabolik sağlığı düzenler, obezite ve diyabet riskini azaltabilir (Orta kanıt düzeyi) Beyin-bağırsak ekseni üzerinden ruh sağlığını etkileyebilir, depresyon ve anksiyete ile ilişkilidir (Orta kanıt düzeyi) İnflamatuar bağırsak hastalıklarının yönetiminde rol oynar (Orta kanıt düzeyi) Kardiyovasküler sağlığı destekleyebilir, kolesterol metabolizmasını etkiler (Düşük-orta kanıt düzeyi)

Doğal olarak insan bağırsağında bulunur; probiyotikler (Lactobacillus, Bifidobacterium), fermente süt ürünleri, kimchi, kombucha, tempeh, miso, prebiyotik lifler (inülin, oligosakkaritler), tam tahıllar, baklagiller, sebzeler